個人歯科医院の売却｜事業譲渡の進め方と税金

2026/07/29

「後継者がいない」「年齢や体力を考えて引退したい」といった理由から、個人歯科医院の売却を検討する院長は少なくありません。個人歯科医院は医療法人とは承継方法が異なり、多くのケースで事業譲渡によって第三者へ引き継がれます。本記事では、個人歯科医院の売却方法や進め方、売却価格の考え方、税金の基礎、売却を成功させるポイントまで分かりやすく解説します。売却を考え始めたばかりの方でも全体像を把握できる内容です。

個人歯科医院は売却できる？事業譲渡が一般的な理由

個人歯科医院でも第三者へ医院を引き継ぐことは可能です。ただし、医療法人のように法人そのものを承継するケースとは異なり、個人歯科医院では事業譲渡による承継が一般的です。

事業譲渡では、診療に必要な設備や営業基盤などを買い手へ引き継ぎます。一方で、契約や各種手続きは個別に対応が必要となるため、早い段階から準備を進めることが重要です。

個人歯科医院と医療法人の違い

項目	個人歯科医院	医療法人
承継方法	事業譲渡が一般的	持分譲渡・事業譲渡など
承継対象	設備・営業基盤・契約など	法人または事業
契約	個別に引継ぎが必要な場合が多い	契約形態によって異なる

事業譲渡で引き継ぐ主なもの

歯科用ユニット
レントゲン・CTなどの医療機器
院内設備・内装
患者基盤（法令等に配慮した引継ぎ）
スタッフ（本人の同意が前提）
医院名や営業上のノウハウ

なお、診療録（カルテ）の引継ぎは、医療法や個人情報保護法などの関係法令に配慮して行う必要があります。また、保険医療機関の指定などについても、地方厚生（支）局等への必要な手続きを事前に確認することが重要です。

個人歯科医院を売却するメリット・デメリット

売却するメリット

長年築いた医院を次世代へ引き継げる
患者が継続して通院できる可能性が高まる
スタッフの雇用維持につながる可能性がある
設備や営業基盤が評価される可能性がある
廃業費用を抑えられるケースがある

注意しておきたいデメリット

希望条件で売却できるとは限らない
買い手探しに時間がかかる場合がある
契約・税務など専門家との連携が必要になる
スタッフや患者への説明時期を慎重に判断する必要がある

廃業との違い

比較項目	売却	廃業
患者	引継ぎできる可能性がある	他院への転院が必要
スタッフ	継続雇用の可能性がある	退職となる
設備	売却対象となる可能性がある	処分費用が発生する場合がある
営業基盤	評価対象となる可能性がある	承継されない

売却が難しくなるケース

すべての医院が同じ条件で売却できるわけではありません。次のようなケースでは、買い手探しに時間がかかったり、希望条件での売却が難しくなったりすることがあります。

院長しか診療できない体制になっている
設備の老朽化が進んでいる
慢性的なスタッフ不足が続いている
財務資料や契約書類が整理されていない
患者数・売上が大きく減少している

これらに該当する場合でも売却できないとは限りません。早めに専門家へ相談し、改善できる点を整理することで、選択肢が広がるケースもあります。

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個人歯科医院売却の進め方

売却は思い立ってすぐ完了するものではありません。一般的には次の流れで進められます。

売却目的の整理
専門家への相談
医院価値の評価
買い手候補とのマッチング
条件交渉・基本合意
デューデリジェンス（買い手による経営内容・契約内容などの確認）
最終契約・引継ぎ

特に重要なのは、引退を決めてから準備を始めるのではなく、数年前から計画的に進めることです。設備更新や人員体制の見直し、財務資料の整理などを行っておくことで、買い手からの評価につながる場合があります。

個人歯科医院の売却価格はどう決まる？

個人歯科医院の売却価格は、設備の金額だけで決まるわけではありません。買い手は「引き継いだ後も安定して医院経営を続けられるか」という視点で総合的に評価します。そのため、患者基盤やスタッフ体制、立地なども重要な評価対象になります。

売却価格の主な評価ポイント

評価項目	評価されるポイント
立地	人口動態・駅からの距離・周辺競合
患者基盤	患者数・リコール率・自費診療比率
設備	ユニット・CT・レントゲンなどの状態
スタッフ	歯科医師・歯科衛生士の定着率
収益性	売上・利益・将来性
運営体制	院長への依存度・マニュアル整備状況

特に歯科医院では、長年通院する患者が多く、歯科衛生士を中心としたスタッフが安定して勤務している医院は、買い手から評価される傾向があります。

価格が下がる可能性があるケース

院長しか診療できない体制になっている
設備の更新時期が近い
歯科衛生士など人材不足が続いている
レセプトや会計資料が整理されていない
患者数や売上が継続的に減少している

一方で、これらに該当する場合でも売却できないとは限りません。改善できる点を整理した上で専門家へ相談することで、より良い条件につながる可能性があります。

売却前に確認したいチェックリスト

売却活動を始める前に、次の項目を確認しておくと、買い手との交渉を円滑に進めやすくなります。

直近3年分程度の決算書・確定申告書を整理している
医療機器の購入時期や修繕履歴を把握している
スタッフの雇用契約書を整理している
賃貸借契約やリース契約の内容を確認している
設備の故障状況や更新予定を把握している
院長しか対応できない業務を整理している
自費診療・保険診療の割合を把握している
患者数・新患数・リコール率などの推移をまとめている

これらを事前に整理しておくことで、デューデリジェンス（買い手による確認）の際にもスムーズな対応が期待できます。

売却に適したタイミングとは？

「いつ売却すべきか」は、多くの院長が悩むポイントです。一般的には、経営が安定している段階で準備を始める方が、選択肢が広がりやすいと考えられます。

例えば、次のようなタイミングは検討のきっかけとなることがあります。

後継者がいないことが明確になった
引退時期を具体的に考え始めた
設備更新に大きな費用が必要になる前
患者数や売上が安定している
体力や健康面に不安を感じ始めた

売却は準備期間を含めると数か月から1年以上かかることもあります。早めに相談することで、希望条件に近い承継先を見つけやすくなる可能性があります。

個人歯科医院の売却でかかる税金

個人歯科医院の売却では、譲渡する資産の種類や契約内容によって税務上の取扱いが異なります。そのため、具体的な税額は税理士へ確認することが重要です。

所得税

事業用資産を譲渡した場合は、譲渡する資産の内容によって所得区分や計算方法が異なります。そのため、「医院を売却したら一律で同じ税金がかかる」というわけではありません。個別の契約内容に応じて確認する必要があります。

消費税

建物や医療機器、備品などの事業用資産を譲渡した場合は、消費税の課税対象となることがあります。一方で、土地の譲渡は原則として消費税の非課税取引です。譲渡する資産ごとに取扱いが異なるため、契約前に税理士へ相談すると安心です。

税理士へ相談すべき理由

譲渡する資産ごとに税務上の取扱いが異なる
所得税・消費税を総合的に確認する必要がある
契約内容によって手取り額が変わる可能性がある

売却価格だけで判断するのではなく、税金や諸費用を含めた最終的な手取り額まで確認しておくことが重要です。

個人歯科医院の売却を成功させるポイント

個人歯科医院の売却は、価格だけでなく「誰へ、どのように引き継ぐか」が重要です。患者やスタッフへの影響を考慮しながら準備を進めることで、円滑な事業承継につながりやすくなります。

早めに準備を始める

売却活動は数週間で完了するものではありません。買い手探しや条件交渉、契約手続きなどを含めると、数か月から1年以上かかるケースもあります。そのため、引退を考え始めた段階で相談することが、選択肢を広げるポイントです。

院長依存の経営から少しずつ改善する

院長しか対応できない業務が多い医院は、買い手にとって引継ぎリスクが高いと判断されることがあります。スタッフへの業務分担やマニュアル整備を進めることで、引継ぎしやすい医院づくりにつながります。

スタッフ・患者への説明時期に配慮する

売却情報を早い段階で伝え過ぎると、不安から離職や患者離れにつながる可能性があります。一方で、直前まで知らせないことで混乱を招くケースもあります。開示のタイミングは、仲介会社や専門家と相談しながら慎重に判断することが大切です。

歯科業界に詳しい仲介会社へ相談する

歯科医院の承継では、医療機器や保険診療、スタッフ体制など業界特有の論点があります。業界に精通した仲介会社へ相談することで、買い手とのマッチングや条件交渉を進めやすくなる場合があります。

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よくある質問

個人歯科医院でもM&Aはできますか？

はい。多くのケースでは事業譲渡によって第三者へ承継することが可能です。

赤字でも売却できますか？

赤字でも、立地や患者基盤、設備、将来性などが評価され、売却につながるケースがあります。

売却にはどのくらいの期間がかかりますか？

医院の状況や買い手との交渉内容によって異なりますが、数か月から1年以上かかる場合もあります。

売却後も患者は通院できますか？

買い手へ円滑に承継できれば、これまでどおり通院を継続できるケースがあります。

税金は誰へ相談すればよいですか？

契約内容や譲渡資産によって税務上の取扱いが異なるため、税理士へ相談することをおすすめします。

まとめ

個人歯科医院は、医療法人とは異なり事業譲渡によって承継されるケースが一般的です。売却価格は設備だけでなく、患者基盤やスタッフ体制、収益性などを含めて総合的に判断されます。また、売却時には税務や契約など専門的な論点も多いため、早めに準備を始め、歯科業界に詳しい専門家へ相談することが大切です。後継者不足や将来の引退を見据えている場合は、まずは現在の売却可能性や相場感を把握することから始めてみてはいかがでしょうか。

免責事項

本記事は一般的な情報提供を目的としており、税務・法務・会計・行政手続きに関する個別具体的な助言を行うものではありません。実際の契約や税務上の取扱いは個別事情によって異なるため、税理士・弁護士などの専門家へご相談ください。

まずはお気軽にお問い合わせください。

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