株式譲渡とは、株主が持つ株式を買い手に譲り渡す方法です。株式を取得した買い手は、持株比率などに応じて会社の経営に関わる権利を得ます。会社の法人格や雇用契約は原則として維持される一方、負債などのリスクも会社に残ります。この記事では、株式譲渡と事業譲渡の違い、メリット・デメリット、税金と手続きについて、介護・障がい福祉などの事業承継を例に解説します。

株式譲渡とは？基本的な仕組みをわかりやすく解説

株式を売却して会社の経営権を引き継ぐ仕組み

例えば、介護事業を運営する株式会社の創業者が全株式を売却すると、買い手が新株主となります。売却代金を受け取るのは、事業を営む会社ではなく、原則として売り手の株主です。

買い手の議決権は取得する株式の割合・種類で変わるため、全株式を売却する必要はありません。

株式譲渡で変わるもの・変わらないもの

株式譲渡の前後でも対象会社は同じ法人として存続し、会社が保有する設備、不動産、取引契約、従業員との労働契約も原則として継続します。一方、株主や役員、経営方針は変わる場合があります。また、契約に株主変更時の通知・承諾条項（チェンジ・オブ・コントロール条項）があれば、相手方への対応が必要です。

株式譲渡が事業承継で活用される理由

複数の施設、職員、設備、取引関係をまとめて引き継ぎやすい方法です。ただし、介護・障がい福祉事業の変更届が不要になるわけではありません。

株式譲渡と事業譲渡の違い

売却対象・代金の受取人・契約の引継ぎの違い

株式譲渡と混同しやすいのが「事業譲渡」です。事業譲渡は、会社が特定の事業や資産などを別の事業者に移す方法で、譲渡代金は原則として売り手の会社が受け取ります。株式譲渡では対象会社の法人格が変わらないのに対し、事業譲渡では契約や資産の移転を個別に検討する必要があります。

比較項目	株式譲渡	事業譲渡
譲渡するもの	株主が保有する株式	対象となる事業・資産等
代金の受取人	原則、売却株主	原則、譲渡会社
法人格	対象会社が継続	売り手法人は存続（事業を移転）
雇用・契約	原則、そのまま継続	個別の承継・同意等を検討
負債や潜在的リスク	対象会社に残る	承継範囲を個別に定める
適した場面の例	会社全体を引き継ぎたい	一部の事業だけを譲りたい

株式譲渡と事業譲渡はどちらを選ぶべき？

会社全体の運営を維持したい場合は株式譲渡、特定の施設や事業所だけを切り離したい場合は事業譲渡が候補になります。例えば、デイサービスだけを売却するなら事業譲渡も候補です。

ただし、契約先の承諾、許認可、職員への対応、税負担、引き受ける負債などで有利不利は変わります。また、事業譲渡の代金を受け取るのは会社なので、個人株主が受け取る株式譲渡とは課税関係も異なります。「簡単そう」という理由だけで選ばず、譲渡したい範囲と譲渡後の希望を整理しましょう。関連して障がい福祉における2つの譲渡方法も参考になります。

株式譲渡のメリット

会社の法人格や契約関係を原則として維持できる

株式譲渡の大きな利点は、会社そのものが継続することです。職員の雇用主も変わらず、労働契約が株式譲渡を理由に自動終了することはありません。利用者とのサービス契約や設備の賃貸借契約も原則継続するため、日常業務の急な断絶を避けやすくなります。

事業譲渡と比べて個別の移転手続きを抑えやすい

事業譲渡では、不動産や設備の名義変更、取引契約の移転、労働契約の承継などを検討します。株式譲渡なら、これらを一つずつ売買し直す必要が原則としてないため、対象会社の規模や契約数によっては手続きの負担を抑えられます。

ただし、会社が発行する株式に譲渡制限がある場合の承認や株主名簿の書換え、役員変更の手続きなどは別途必要になります。

株主が売却代金を直接受け取れる

個人オーナーが株式を売れば、原則として代金は本人に支払われます。引退後の資金などに充てる際は、税引後の手取り額で考えましょう。

株式譲渡のデメリットと注意点

負債や簿外債務などのリスクが会社に残る

株式譲渡では会社の債務が原則としてそのまま残ります。銀行借入金だけでなく、未払残業代、未払社会保険料、税務上の問題、将来の損害賠償リスクなど、帳簿に表れにくい「簿外債務」も買い手にとって重要です。

買い手は財務・税務・労務などを調べるデューデリジェンス（買収監査）を行うため、売り手も未払い事項を早めに整理しましょう。

株主構成や譲渡制限によって手続きが複雑になる

中小企業の株式には、譲渡について会社の承認を要する「譲渡制限」が設けられている場合があります。定款や会社法に沿った承認手続きの確認が必要です。親族への株式分散や相続後の名義未整理も交渉の障害になり得ます。

売却後の経営方針と経営者保証を確認する

経営者が会社の借入れを個人で保証する「経営者保証」は、株主が変わっただけでは自動的に解除されません。金融機関に事前相談し、解除・移行の条件を最終契約で整理することが重要です。中小企業庁「中小M&Aガイドライン第3版」（2024年8月）は、保証の解除・移行や最終契約後のトラブルに注意を促しています。

株式譲渡にかかる税金と計算方法

個人株主の株式譲渡益にかかる税金と税率

個人が保有する非上場会社の株式を第三者に売却する一般的なケースでは、譲渡益は「一般株式等に係る譲渡所得等」として、給与などの所得とは区分して税額を求める申告分離課税の対象です。2026年分の基本税率は、所得税15％・復興特別所得税0.315％・住民税5％の合計20.315％です（国税庁「No.1463」、令和8年4月1日現在法令等）。

課税対象は売却金額ではなく、取得費や譲渡に直接要した費用を差し引いた譲渡益です。ただし、自社株買いではみなし配当、相続した株式では特例など、通常の第三者売却と異なる取扱いが生じる場合があります。

株式譲渡益・税額・手取り額の計算例

以下は2026年分に第三者へ非上場株式を譲渡した個人株主の架空の試算です。取得費は300万円、売却に直接要した費用は100万円と仮定しています。個別の特例、ほかの所得、税額の端数処理等は考慮していません。

項目	仮の金額
株式の売却価格	3,000万円
株式の取得費	300万円
売却に直接要した費用	100万円
譲渡益（3,000－300－100）	2,600万円
概算税額（2,600×20.315％）	528万1,900円
税額納付後の概算手取り（3,000－100－税額）	2,371万8,100円

取得費300万円は過去の投資額であり、今回受け取る売却代金から再び支払う費用ではありません。また、売却費用のすべてが税務上差し引けるとは限らないため、仲介手数料などの取扱いは個別に確認します。

取得費の資料が見つからない場合、国税庁「No.1464」（令和8年4月1日現在法令等）では、一定の取扱いとして売却代金の5％相当額を取得費とする方法も認めています。ただし、本来の取得費が判明すれば税額が変わるため、創業時の出資記録や相続関係書類を先に確認することが大切です。

法人株主の場合の税金と確定申告の注意点

売り手株主が法人なら、株式の売却損益は原則として法人所得の計算に反映されます。個人向けの税率20.315％をそのまま使うことはできません。一方、個人が非上場株式を売却した場合は、原則として売却した年の所得について翌年に確定申告します。上場株式の損失との損益通算には制限があり、取得費の資料も重要です。

2027年からの高額所得者向け税制の見直し

令和8年度税制改正では、2027年分から、極めて高い所得に対する追加課税の計算に用いる特別控除額が3億3,000万円から1億6,500万円へ引き下げられ、比較計算に使う税率が22.5％から30％へ引き上げられます。給与や株式譲渡益などを含む基準所得金額を基に一定の計算を行い、通常の所得税額等を上回る場合に追加負担が生じる仕組みです。株式譲渡益の基本税率が全員一律30％になるわけではありません（財務省「令和8年度税制改正」、2026年公表）。

同じく2027年分から、防衛特別所得税1％が導入される一方、復興特別所得税は2.1％から1.1％へ引き下げられます。いずれも基準となる所得税額に対する付加税のため、通常の株式譲渡益に対する所得税・付加税・住民税の合計は原則20.315％で変わりません。ただし、高額所得者向けの追加課税などは別途検討が必要です。

無料簡易査定のご案内
「株式譲渡を考えているが、自社にどのくらいの価値があるのかわからない」という場合は、まず売却価格の相場感を確認するところから始められます。M&A承継サポートでは、介護・医療・障がい福祉分野の無料相談・無料簡易査定に対応しています。査定額は成約価格や税引後の手取り額を保証するものではありません。

介護・医療・障がい福祉事業で株式譲渡を検討する際の注意点

株式会社と社会福祉法人・医療法人では承継方法が異なる

「福祉施設の売却」でも、運営主体によって使える方法は異なります。株式会社は株式譲渡の対象になりますが、社会福祉法人には株式会社のような株式・出資持分がないため、株式譲渡による売却はできません。厚生労働省も社会福祉法人では財産分与のための持分が認められないと説明しています。

医療法人も株式会社とは異なり、株式を発行しません。出資持分のある医療法人では持分の取扱いを検討することがありますが、それは通常の株式会社の株式譲渡とは別の仕組みです。持分のない医療法人や個人開設の医院についても承継方法が異なるため、定款・登記事項・出資関係を先に確認します。

事業所の指定・許認可・変更届の確認が必要

株式譲渡で法人格が維持されても、代表者や役員、管理者などが変更されれば、指定権者への変更届が必要となる場合があります。例えば大阪府が2026年8月18日に更新した障がい福祉サービスの案内では、変更届の基本的な期限を変更日から10日以内としつつ、変更事項によって提出方法や締切が異なると説明しています。これは全国一律の全手続きの期限を示すものではありません。各事業所について所轄の指定権者に確認してください。

あわせて人員配置・加算要件・賃貸借契約・行政指導の履歴を確認します。事業譲渡を選ぶ場合には、買い手側で新規指定などが必要になることもあります。

従業員の雇用と利用者へのサービス継続に配慮する

株式譲渡のみを理由に職員が退職扱いになるわけではありません。ただし、経営体制が変わることへの不安は残ります。説明時期、今後の責任者、労働条件への方針、利用者・家族への連絡方法を買い手と協議しましょう。引継ぎ計画では、サービス管理責任者や管理者など、継続運営に欠かせない人員の配置も重要です。

株式譲渡の手続きと進め方

株式譲渡の基本的な流れ

1. 事前相談・資料整理：財務諸表、株主構成、定款、事業所情報、売却理由を整理します。
2. 企業価値の検討：収益力、純資産、将来の事業計画などから価格の目安を検討します。
3. 買い手候補の探索と交渉：秘密保持に配慮しつつ、条件や承継方針をすり合わせます。
4. 基本合意・デューデリジェンス：買収条件を整理し、財務・法務・労務などのリスクを調べます。
5. 最終契約・決済：株式譲渡契約を締結し、代金決済と株式移転の手続きを進めます。
6. 経営・事業の引継ぎ：役員交代、届出、取引先・職員への説明などを実施します。

契約・書類・デューデリジェンスで確認すること

主な確認資料は、決算書・税務申告書、定款、株主名簿、借入金明細、雇用・賃貸借契約、許認可や指定の資料です。株式譲渡契約では、売却する株式数と価格、決済条件、表明保証（当事者が一定の事実を正しいと約束する条項）、補償、経営者保証、引継ぎ内容などを明確にします。

株式譲渡に関するよくある質問（FAQ）

Q1. 株式譲渡をすると従業員は退職扱いになりますか？

A. 原則として退職扱いにはなりません。雇用主である会社は同じ法人として続き、労働契約も維持されます。ただし、譲渡後に労働条件を変更する場合は、別途適法な手続きや合意が必要になります。

Q2. 赤字の会社でも株式譲渡はできますか？

A. 赤字だからといって不可能になるわけではありません。立地、職員体制、利用者基盤、設備などを評価する買い手がいる場合もあります。ただし、負債や将来収支によって売却条件は変わります。

Q3. 株式譲渡では消費税がかかりますか？

A. 国内で行う株式など有価証券の譲渡は、原則として消費税の非課税取引です。ただし、M&A仲介手数料など、株式の譲渡とは別のサービスへの消費税は分けて確認します（国税庁「No.6201」）。

Q4. 株式譲渡の売却価格はどのように決まりますか？

A. 収益力、純資産、借入金、将来性、買い手との相乗効果などを基に検討し、最終的には当事者間の交渉で決まります。帳簿上の資産額だけで一律に算出できるものではありません。詳しくは介護事業の企業価値評価もご覧ください。

まとめ｜株式譲渡の特徴を理解して適切な事業承継を

株式譲渡は、会社の法人格や契約関係を原則として維持したまま経営権を移す方法です。一方で、負債、経営者保証、税金、指定・変更届などの確認は欠かせません。特に介護・医療・障がい福祉では、運営法人の形態とサービスの継続を踏まえ、株式譲渡・事業譲渡などの選択肢を比較しましょう。

免責事項：本記事は2026年11月12日時点の公表情報を基にした一般的な情報提供であり、個別の税務・法務・行政手続きに関する助言ではありません。制度の適用、税額、行政への届出は事案によって異なるため、税理士、弁護士、指定権者などにご確認ください。

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